- Die Beziehungen der Überordnung, Nebenordnung und Unterordnung zwischen Kirche und Staat. Historisch-kritische Untersuchungen mit bezug auf die kirchenpolitischen Fragen der Gegenwart, Stuttgart 1877
- Die römische Frage unter Pippin und Karl dem Großen, Stuttgart 1881.
- Neue Erörterungen über die römische Frage, Stuttgart 1882.
- Die Besetzung des päpstlichen Stuhles unter den Kaisern Heinrich III. und Heinrich IV., Freiburg 1886.
- Heinrich IV. und Gregor VII. nach der Schilderung Rankes, Danzig 1887.
- Das Vaticanum und Bonifaz VIII., München 1888.
- Die falsche Generalkonzession Constantins, München 1889.
- War Gregor VII. Mönch?, München 1891.
- Gregor VII., sein Leben und Wirken, Leipzig. 1894 2 Bände.
- Beleuchtung der neuesten Kontroverse über die römische Frage unter Pippin und Karl dem Großen, Leipzig 1898.
- Vier kleine Aufsätze zur Musik und Dichtkunst, München 1898
- Vademecum für die deutsche Jugend, ausgewählte Gedichte von Eichendorff, Uhland und Reinick, München 1901.
Alle ADB-Artikel von Wilhelm Martens
- A. Teichmann: Martens, Wilhelm, in: Biographisches Jahrbuch und deutscher Nekrolog, Band 7, S. 134-135 (Volltext), Google-USA*