- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Erstes Buch. Von dem Anbau des Landes., Erster Theil, Leipzig 1786 Google, Google
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Erstes Buch. Von dem Anbau des Landes., Erster Theil, Gegelische Buchdruckerei und Buchhandlung, Frankenthal 1790 MDZ München
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Erstes Buch. Von dem Anbau des Landes., Dritter Theil, Gegelische Buchdruckerei und Buchhandlung, Frankenthal 1790 MDZ München
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Erstes Buch. Von des Volkes Ursprung., Neue verbesserte und vermehrte Auflage, Leipzig 1806 Internet Archive
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Erster Theil. Von des Volkes Ursprung., Nach der neusten Ausgabe von 1806 abgedruckt, J.G. Cotta´sche Buchhandlung, Tübingen 1815 Google
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Anderes Buch. Von dem Aufblühen der ewigen Bünde., Zweyter Theil, Leipzig 1786 Google
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Anderes Buch. Von dem Aufblühen der ewigen Bünde., Sechster Theil, Gegelische Buchdruckerei und Buchhandlung, Frankenthal 1790 MDZ München
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Zweyter Theil. Von dem Aufblühen der ewigen Bünde., Nach der neusten Ausgabe von 1806 abgedruckt, J.G. Cotta´sche Buchhandlung, Tübingen 1815 Google
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Dritter Theil. Bis auf den ersten Französischen Krieg., Neue verbesserte und vermehrte Auflage, Weidmannische Buchhandlung, Leipzig 1806 Google, Google
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Vierter Theil. Bis auf die Zeiten des Burgundischen Kriegs., 2. Auflage, Leipzig 1822 Google
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Fünften Theils erste Abtheilung., Weidmannische Buchhandlung, Leipzig 1808 Google, Google
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Fünfter Theil. Bis auf die Erklärung des Schwabenkriegs., Neue vermehrte Auflage, Leipzig 1826 Internet Archive, Google
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Fünfter Theil. Vom Burgunder Krieg bis auf Waldmanns Hinrichtung., Neue verbesserte, wörtlich nach der Leipziger Ausgabe abgedruckte und mit einer Biographie des Verfassers vermehrte Auflage, J.J. Mäcken'sche Buchhandlung, Reutlingen 1825 MDZ München
- Der Geschichten schweizerischer Eidgenossenschaft Sechster Theil. Von dem Aufblühen der ewigen Bünde., Stuttgart und Tübingen 1832 Google
- Staatsweisheitslehre oder die Politik. Nebst politischen Bemerkungen und Maximen von Machiavelli und Montesquieu, hg. von Heinichen Leipzig 1810 UB LMU München
- Arnold Hermann Ludwig Heeren: Johann von Müller, der Historiker. Leipzig 1809 MDZ München = Google
- Johann Michael Heinrich Doering: Gallerie deutscher Historiker. Johannes von Müller. Zeitz 1835 Google
- Constantin von Wurzbach: Müller, Johannes von. In: Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. Band 19, (1869), S. 360–372
- Franz Xaver von Wegele: Müller, Johannes von. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 22. Duncker & Humblot, Leipzig 1885, S. 587–610
- Briefe zwischen Gleim, Wilhelm Heinse und Johann von Müller. Herausgegeben von Wilhelm Körte, Zürich 1806, Band 1: Google, Band 2: Google
