- Offener Brief zunächst an die Bonner Studenten bei Beginn des neuen Semesters. Bonn 1848 Google = MDZ München
- Die römische Villa bei Weingarten. Bonn 1851 (Einladungs-Programm zu der am Geburtstage Winckelmann’s, den 9. December 1851 stattfindenden Generalversammlung des Vereines von Alterthumsfreunden im Rheinlande) Google = MDZ München
- Kunstarchäologische Vorlesungen im Anschluss an das Akademische Kunstmuseum in Bonn. Braunschweig 1853 Internet Archive = Google
- Die Bildwerke zum thebischen und troischen Heldenkreis.
- Pompeji in seinen Gebäuden, Alterthümern und Kunstwerken [für Kunst- und Alterthumsfreunde].
- Geschichte der griechischen Plastik für Künstler und Kunstfreunde. Leipzig 1857–1858
- Griechische Kunstmythologie. Leipzig 1871–1889
- Antepikritische Betrachtungen über die polygnotischen Gemälde in der Lesche zu Delphi. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 7 (1850), S. 419–454 DFG/Rheinisches Museum (PDF), JSTOR = IA
- Achilleus und Memnons Zweikampf. R. Helenas Wiedergewinnung. Archaisches Vasenbild im Kgl. Museum zu Berlin. In: Archäologische Zeitung. Band 9 (1851), S. 345–360 Internet Archive
- Kalamis’ Hermes Kriophoros. In: Archäologische Zeitung. Band 11 (1853), S. 46–48 Internet Archive
- Das korinthische Puteal. In: Archäologische Zeitung. Band 14 (1856), S. 201–208 Internet Archive
- Der Cellafries des Parthenon nochmals. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 14 (1859), S. 161–199 DFG/Rheinisches Museum (PDF), JSTOR = IA
- Zum eleusinischen Relief. In: Archäologischer Anzeiger. 18. Jahrgang (1860), S. 113*–114* Internet Archive
- Die Athene Parthenos in der Villa Borghese. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 16 (1861), S. 639–640 DFG/Rheinisches Museum (PDF), JSTOR = IA
- Zu Hesiodus (Theogonie). In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 19 (1864), S. 624–626 DFG/Rheinisches Museum (PDF), JSTOR = IA
- Die zwei Zeusbilder des Ageladas. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 22 (1867), S. 122–127 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Zum Hymnus auf den Delischen Apollo. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 23 (1868), S. 195–197 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Ist ein ungegürtetes Gewand für Hera in Kunstwerken charakteristisch? In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 23 (1868), S. 521–525 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Nochmals Dipoinos und Skyllis und die Anfänge der Marmorsculptur. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 41 (1886), S. 67–72 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
Beiträge in Schriften der Sächsische Akademie der Wissenschaften, siehe Namen- und Sachregister der Abhandlungen und Berichte der philologisch-historischen Classe der Königl. Sächs. Gesellschaft der Wissenschaften. 1846–1895. Leipzig 1898, S. 22–24 SLUB Dresden, Internet Archive
- Beiträge zur Erkenntniss und Kritik der Zeusreligion. In: Abhandlungen der philologisch-historischen Classe der Königlich Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften. Band 4 [10] (1865), S. 1–110 Internet Archive
- Über die Lade des Kypselos. In: Abhandlungen der philologisch-historischen Classe der Königlich Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften. Band 4 [10] (1865), S. 589–674 Internet Archive; Sonderdruck Internet Archive = Google
- In: Berichte über die Verhandlungen der Königlich Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften zu Leipzig / Philologisch-historische Classe.
- Ein in Eleusis gefundenes Relief, welches des Triptolemos Aussendung darstellt. Band 12 (1860), S. 163–194 Internet Archive, Internet Archive = Google
- Eine Marmorstatue der Athene Parthenos in der Villa Borghese in Rom und die Parthenos des Phidias. Band 13 (1861), S. 1–17 Internet Archive
- Das ehemals Giustinianische Relief mit der Pflege des Zeuskindes. Band 13 (1861), S. 75–99 Internet Archive, MDZ München
- Das eleusinische Relief nochmals. Band 13 (1861), S. 133–144 Internet Archive
- Eine Statue im Palast Barberini in Rom, welche Laodamia und eine solche der ehemals Campana’schen Sammlung, welche Penelope darstellt. Band 13 (1861), S. 251–289 Internet Archive
- Die Bedeutung der knienden Jünglingsfigur der münchener Glyptothek. Band 15 (1863), S. 1–22 Internet Archive
- Das Cultusobject bei den Griechen in seinen ältesten Gestaltungen. Band 16 (1864), S. 121–172 Internet Archive
- Die Bedeutung des griechischen Götterbildes und die aus derselben fliessenden kunstgeschichtlichen Consequenzen. Band 16 (1864), S. 239–264 Internet Archive
- Vier archaeologische Miscellen. Band 17 (1865), S. 37–53 Internet Archive
- Der Kopf des phidias’schen Zeus. Band 18 (1866), S. 173–190 Internet Archive
- Zeus’ Geburt und Kindheitspflege in antiken Kunstdarstellungen. Band 18 (1866), S. 229–256 Internet Archive
- Der Apollo vom Belvedere und die Artemis von Versailles nebst einer capitolinischen Athenestatue als Bestandtheile einer Gruppe. Band 19 (1867), S. 121–150 Internet Archive
- Kunstgeschichtliche Miscellen 1–7. Zur archaischen Kunst. Band 20 (1868), S. 66–91 Internet Archive
- Kunstgeschichtliche Miscellen 8–12. Zu Phidias und den Monumenten seiner Zeit. Band 20 (1868), S. 93–137 Internet Archive
- Analekten zur Kunstmythologie des Zeus. Band 23 (1871), S. 97–112 Internet Archive
- Das grosse Mosaik auf der Piazza della Vittoria in Palermo. Band 25 (1873), S. 91–127 Internet Archive
- Eine Erzstatuette im Besitze des Herrn Ráth in Budapest, welche den rossebändigenden Poseidon darstellt. Band 27 (1875), S. 1–7 Internet Archive
- Die kunstgeschichtliche Stellung des Reliefs mit Poseidons und Amphitrites Hochzeit in der Glyptothek in München noch einmal. Band 28 (1876), S. 110–132 Internet Archive
- Analekten zur Kritik und Erklärung der Parthenonsculpturen.
- 1. Über einige Pferdefragmente von der westlichen Giebelgruppe. Band 31 (1879), S. 72–79 Internet Archive
- 2. Zu dem s. g. »Theseus« und 3. zu den s. g. »Thauschwestern« in der östlichen Giebelgruppe. Band 32 (1880), S. 42–55 Internet Archive
- 4. Zum Poseidon im Westgiebel. Band 32 (1880), S. 161–168 Internet Archive
- 5. Zu den Flügelfragmenten Michaelis. Band 32 (1880), S. 168–172 Internet Archive
- 6. Über eine kolossale Hand mit einem Fackelfragmente. Band 32 (1880), S. 172–176 Internet Archive
- 7. Über die Frage, ob im Friese selbständige Formen darstellende Malerei über plastische Formen geführt gewesen ist und unter welchen Umständen dies der Fall war. Band 32 (1880), S. 176–186 Internet Archive
- Die Künstlerinschrift und das Datum der Aphrodite von Melos. Band 33 (1881), S. 92–116 Internet Archive
- Einige Apollonstatuen berühmter griechischer Künstler. I. Skopas. II. Bryaxis. Band 38 (1886), S. 1–27 Internet Archive
- Die in Mantinea gefundenen Reliefe mit Apollon, Marsyas und Musen. Band 40 (1888), S. 284–294 Internet Archive
- Kunstgeschichtliche Miscellen. I. Zur archaischen Kunst. Band 44 (1892), S. 1–41 Internet Archive
- Kunstgeschichtliche Miscellen. II. Zur Kunst der Blüthezeit. Band 45 (1893), S. 24–61 Internet Archive
- Festschrift für Johannes Overbeck. Aufsätze seiner Schüler zur Feier seines 40jährigen Professoren-Jubiläums dargebracht. Leipzig 1893 Internet Archive
- Theodor Schreiber: Johannes Overbeck. In: Berichte über die Verhandlungen der Königlich Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften zu Leipzig / Philologisch-historische Classe. Band 47 (1895), S. 353–363 Internet Archive
- Walter Miller: Johannes Overbeck. In: American Journal of Archaeology and of the History of the Fine Arts. Band 11 (1896), S. 361–370 Internet Archive
- Franz Studniczka: Der Ausbau des archäologischen Instituts durch J. Overbeck. In: Festschrift zur Feier des 500jährigen Bestehens der Universität Leipzig. 4. Band 1. Teil, Leipzig 1909, S. 41–47 Internet Archive