- Metz: ein Rundgang durch die Stadt unter besonderer Berücksichtigung ihrer Geschichte und Sammlungen, Lupus, Metz 1907.
- Metz, seine Umgebung, und die Schlachtfelder bei Metz: Führer für die Teilnehmer an der Generalversammlung der Katholiken Deutschlands, Even, Metz 1913.
- Pfalzel an der Mosel: Geschichte und Führer, Hoffmeister, Trier 1927.
- (mit R. P. Weber) Führer durch Trier und seine Kirchen mit ihren Heiligtümern, Paulinus-Druckerei, Trier 1933 (auch englische, französische, und niederländische Ausgaben)
Alle auf Wikisource verfügbaren RE-Artikel von Johann Baptist Keune
- Die keltischen Göttersteine des Altertums-Museums der Stadt Metz. In: Jahrbuch der Gesellschaft für lothringische Geschichte und Altertumskunde. 8. Jahrgang 2. Hälfte (1896), S. 56–61 Gallica
- Römisches Begräbnisfeld auf der Ostseite von Metz. Aufdeckung römischer Altertümer bei Festungsbauten in den Jahren 1677 und 1678. In: Jahrbuch der Gesellschaft für lothringische Geschichte und Altertumskunde. 8. Jahrgang 2. Hälfte (1896), S. 66–73 Gallica
- Rezension: Hans Lehner: Die römische Stadtbefestigung von Trier (Westdeutsche Zeitschrift für Geschichte und Kunst 1896). In: Jahrbuch der Gesellschaft für lothringische Geschichte und Altertumskunde. 8. Jahrgang 2. Hälfte (1896), S. 74–80 Gallica
- Die ältesten Stadtbilder von Metz und Trier. Nebst einem geordneten Verzeichnis der gedruckten Stadtbilder von Metz bis 1800 und einem allgemeinen Anhang über alte Städtebilder. In: Jahrbuch der Gesellschaft für lothringische Geschichte und Altertumskunde. 17. Jahrgang 2. Hälfte (1905), S. 186–220 Gallica
- Altertumsfunde in Lothringen. Erwerbungen des Museums der Stadt Metz von 1905 bis 1910. In: Jahrbuch der Gesellschaft für lothringische Geschichte und Altertumskunde. 22. Jahrgang (1910), S. 487–537 Gallica
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