- Beiträge zur Geschichte von Ravenna in spätrömischer und byzantinischer Zeit. In: Klio 16, 1920, S. 40–71 (Auszug aus der Dissertation). archive.org
- Studien zur Geschichte des byzantinischen Reiches vornehmlich unter den Kaisern Justinus II. u. Tiberius Constantinus, Stuttgart 1919 (Habilitation). nbn-resolving.de
- Untersuchungen über das Officium der Prätorianerpräfektur seit Diokletian, Wien 1922 (ND Amsterdam 1962).
- Zur Erinnerung an L. M. Hartmann. In: Vierteljahrschrift für Sozial- und Wirtschaftsgeschichte 18, 1925, S. 312–332.
- Geschichte des spätrömischen Reiches, Bd. 1: Vom römischen zum byzantinischen Staate (284–476 n. Chr.). Wien 1928 [2. Aufl. Brüssel 1959, in franz. Sprache]; Bd. 2: Histoire du Bas-Empire: De la disparition de l’Empire d’Occident à la mort de Justinien (476–565 n.Chr.). Herausgegeben von Jean-Rémy Palanque. Brüssel/Paris 1949 [ND Amsterdam 1968] – enthält S. VII–XXII Lebensabriss Steins.
- Die kaiserlichen Beamten und Truppenkörper im römischen Deutschland unter dem Prinzipat. Mit Benützung von Emil Ritterlings Nachlaß dargestellt von Ernst Stein. Wien 1932 (Beiträge zur Verwaltungs- u. Heeresgeschichte v. Gallien u. Germanien; 1).
- Corpus Inscriptionum Latinarum. Volumen XIII. Inscriptiones trium Galliarum et Germaniarum Latinae. Pars VI: Signacula publice laterculis impressa. Edidit E. Stein. Berlin 1933 (Nachdruck 1974)
- Opera minora selecta. Herausgegeben von Jean-Rémy Palanque. Amsterdam 1968.
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