- De Alisone castello deque cladis Varianae loco. Krefeld 1847 Google, MDZ München
- Eine Abhandlung über die Quellen der Geographie des alten Germaniens. 1848 Google
- Die Externsteine im Fürstenthum Lippe-Detmold. Eine historisch-archäologische Monographie. 1851 ULB Münster, Google
- Der Badeort Lippspringe und seine Umgebung : mit 1 Kt.. - Paderborn : Junfermann, 1852. ULB Düsseldorf
- Beiträge zur Geschichte und Geographie des alten Germaniens.
- Die geheimen Verordnungen der Gesellschaft Jesu, ein Schanddenkmal, welches die feinde der Jesuiten sich selbst wiederholt errichtet haben. Paderborn 1853 ULB Münster, Google, Michigan
- Drei merkwürdige Capellen Westfalens : zu Paderborn, Externstein und Drüggelte. Paderborn 1854 UB Paderborn, ULB Münster, Google
- Westphalia sancta pia beata: sive, Vitae eorum, qui sanctitate sua ... 1855 Google
- Die Giefers'sche Hypothese über den Ort der Varianischen Niederlage vertheidigt von ihrem Verfasser in einem offenen Sendschreiben an die Bekämpfer derselben, die Herren E. M. Essellen, und L. Reinking. Paderborn 1855 ULB Münster, MDZ München
- Geschichte der Wefelsburg und des Bischofs Theodor von Fürstenberg „Memorial-Büchlein“ Paderborn 1855 MDZ München; ULB Düsseldorf
- Über den Altar-Kelch : Im Anhange eine Beschreibung des neuen Liborius-Teppichs nebst Abbildung. 1856 ULB Münster, MDZ München
- Praktische Erfahrungen der Erhaltung, Ausschmückung, Ausstattung der Kirchen betreffend : zunächst für den Clerus der Diöcese Paderborn. Paderborn 1858 ULB Münster, 3. Aufl. 1869 ULB Münster, 4. Aufl. 1869 ULB Münster, 5. Aufl. 1873 ULB Münster
- Die Anfänge des Bisthums Paderborn. Paderborn 1860 UB Paderborn, MDZ München
- Der Dom zu Paderborn: Vortrag gehalten im wissenschaftlichen Vereine. 1860 UB Paderborn, ULB Münster, Google
- Zur Geschichte der Burg Iburg und Stadt Driburg. 1860 ULB Münster, Google, MDZ München
- Die neuesten Schriften über die Varusschlacht und das Castell. 1863 Google, MDZ München
- Scheidewasser oder sicheres Prüfungsmittel der Wahrheit in Sachen Andreae contra S. Patroclum. Paderborn 1865 ULB Münster
- Das Ungarische Fluchformular und das Leben der h. Jungfrau Synoris nach Baronius und Andreä. 1866 Google
- Paderborn und seine Feldmark. In: Beiträge zur Geschichte Westfalens, S. 22–35, Paderborn 1866 ULB Münster
- Ueber die Irmensäule. In: Beiträge zur Geschichte Westfalens, S. 35–46, Paderborn 1866 ULB Münster
- Die Externsteine im Fürstenthum Lippe. Münster 1867 ULB Münster
- Römerspuren an der Lippe, aufgedeckt von den Herren Fr. W. Schmidt, Frh. von Zuydturyck, L. Hölzermann und Fr. Hülsenbeck. Beleuchtet von Wilhelm Engelbert Giefers. Paderborn 1868 ULB Münster
- Geschichte der Stadt Brakel. Aus der Zeitschrift für vaterländische Geschichte und Altertumskunde besonders abgedruckt. Münster 1868 ULB Münster
- Die St. Kilianskirche zu Lügde. In: Blätter zur näheren Kunde Westfalens, Jg. 7.1869, Nr. 4 ULB Münster
- Beiträge zur Geschichte der Stadt Beverungen. Paderborn 1870 ULB Münster
- Die Einführung des Christenthums in Westfalen und in den angrenzenden Landestheilen zur elfhundertjährigen Gedächtnißfeier derselben. 1872
- zusammen mit Franz Ignaz Pieler: Beiträge zur Geschichte Westfalens. Salzkotten 1874 ULB Münster
- Das Teutoburger Waldgebirge und seine nächste Umgebung. Paderborn 1875 ULB Münster
- Hermann, Deutschland's Befreier vom Römerjoche und sein Standbild im Teutoburger Walde. Paderborn 1875 UB Paderborn, Internet-Portal „Westfälische Geschichte“
- Der Badeort Driburg und dessen nähere und weitere Umgebung. Höxter 1877 ULB Münster
- Topographisch-historische Darstellung der Stadt Brakel und ihrer Feldmark. Salzkotten 1877 ULB Münster
- Zur Ehrenrettung des Jesuiten Nicolaus Schaten. 1880 ULB Münster
- Die Silberarbeiten des Warburger Meisters Anton Eisenhoit nebst einem Blicke auf die älteste Geschichte seiner Vaterstadt, Warburg. 1880 ULB Münster, Internet Archive = Google-USA*
Für Links zu Digitalisaten siehe Westfälische Zeitschrift.
- Der Nethegau. Band 5 (1842), S. 1–40
- Ueber das templum Tansanae und die Irmensul. Band 8 (1845), S. 261–285
- Über die Germania des Cornelius Tactius und die Geographie des Claudius Ptolomäus, als Hauptquellen der Geographie des alten Germaniens. Band 13 (1852), S. 190
- Kurze Geschicht der Hinnenburg. Band 14 (1853), S.355
- Ueber die Varianische Niederlage. Band 15 (1854), S. 329–400
- Über das Castell Aliso. Band 17 (1856), S. 1–64
- Geschichte der Burg und Herrschaft Wevelsburg. Band 22 (1862), S. 330–358
- Kirchen der Diöcese Paderborn. Band 23 (1863), S. 315–329
- Die Externsteine im Fürstenthum Lippe. Band 27 (1867) S. 1–104
- Geschichte der Stadt Brakel. Band 28 (1869), S. 197–308
- Beiträge zur Geschichte der Stadt Beverungen. Band 29 (1871), S. 1–52
- Zur Geschichte der Stadt Lügde. Band 29 (1871), S. S. 139–192
- Die Anfänge der Stadt Warburg. Band 31 (1871), S. 189–206
- Die Anfänge der Burg und Stadt Dringenberg. Band 32 (1874), S. 61–116
- Die „Ellenden-Bruderschaft" zu Paderborn. Band 35 (1877), S. 153–170
- Der Badeort Driburg. Band 36 (1878), S. 3–25
- Eresburg, Irmensäule, Bullerborn. Band 36 (1878), S. 134–163.
- Beiträge zur Geschichte der Herren von Brakel. Band 37 (1879), S. 91–165
- Bemerkungen und Nachträge zum „Westfälischen Urkundenbuche“. Band 37 (1879), S. 166–211
- Bemerkungen zur ersten Hälfte des IV. Bandes des Westfälischen Urkundenbuches. Band 38 (1880), S. 103–202
- Eine „sehr verdächtige Urkunde“ des Kaisers Heinrich IV. Aus dem Jahre 1097. Band 38 (1880), S. 203–208
- Copiarium Gerdense. Band 39 (1881), S. 3–45
- Die Anfänge der Städte Borgentreich, Borgholz, Peckelsheim. Band 39 (1881), S. 164–180
- Konrad Mertens: Wilhelm Engelbert Giefers, eine biographische Skizze. In: Zeitschrift für vaterländische Geschichte und Altertumskunde. Band 39 (1881), S. 181–191 Internet Archive
