- Reichsunmittelbarkeit und Schutzverhältnisse der ehemaligen Cisterzienserabtei Waldsassen in den drei ersten Jahrhunderten ihres Bestehens. Passau 1886 MDZ München, Internet Archive
- Monumenta Germaniae selecta: ab anno 768 usque ad annum 1250.
- 3. Bändchen, Zeit der Salischen Kaiser. München 1889 MGH (Band 3/4)
- 4. Bändchen, Zeit Lothars III., Konrads III. und Friedrichs I. München 1890 Internet Archive MDZ
- Zum Rechtfertigungsschreiber, Gregors VII. an die deutsche Nation vom Sommer 1076. München 1891
- Regesten und Urkunden zur Geschichte der Dipoldinger Markgrafen auf dem Nordgau. München 1893 UB Eichstätt-Ingolstadt
- Die Landgrafschaft der Leuchtenberger: eine verfassungsgeschichtliche Studie mit anhängenden Regesten und Urkunden. Killinger, München 1893 SLUB Dresden
- Das Mittelalter (= Lehrbuch der Geschichte für die oberen Klassen der Gymnasien, 2. Teil). Buchner, Bamberg 1896 Georg Eckert Institut
- Kleine Schriften zur bayerischen Geschichte. 5 Bände, München 1898–1904
- Band 1, Das Projekt einer Einigung Deutschlands auf wirtschaftlicher Grundlage a. d. J. 1665 und die sich daran schliessenden wirtschaftspolitischen Verhandlungen zwischen Bayern und Österreich. MDZ München
- Band 2, Der Sturz des kurbayerischen Kanzlers Öxl. MDZ München
- Band 3, Der Ursprung der Amortisationsgesetzgebung in Bayern. MDZ München
- Band 4, Der bayerische Hilfskorps in Kölner Diensten zur Zeit des zweiten Raubkrieges. MDZ München
- Band 5, Innere Regierung Bayerns nach dem Dreißigjährigen Kriege. MDZ München
- Bayern und Frankreich vornehmlich unter Kurfürst Ferdinand Maria. 2 Bände, München 1900–1903
- Bayern und die Gründung des Deutschen Reiches. München 1903
- Entwicklungsgeschichte Bayerns. R. Oldenbourg, München 1906–1931
- Band 1, Von den ältesten Zeiten bis zum Westfälischen Frieden. 1906 MDZ München
- Band 2, Vom Westfälischen Frieden bis zum Tode König Maximilians I. 1. und 2. Auflage, 1912 MDZ München
- Band 3, Vom Regierungsantritt König Ludwigs I. bis zum Tode König Ludwigs II. mit einem Ausblick auf die innere Entwicklung Bayerns unter dem Prinzregenten Luitpold, hrsg. von Max Spindler. 1931 MDZ München
- Zur Geschichte der bayerischen Schulpolitik im 19. Jahrhundert. München 1912 MDZ München
- Sozialismus, soziale Revolution, sozialer Volksstaat. München 1920 MDZ München
- Bayern und Deutschland. 3 Bände, München und Berlin 1922–1926
- Rheinbundverfassung und bayerische Konstitution. München 1924 MDZ München
- König Ludwig I., der zweite Gründer der Ludwig-Maximilians-Universität: Festschrift zur Jahrhundertfeier der Universität. München 1926 UB LMU München (PDF)
- Kulturpolitik König Maximilians II. von Bayern. In: Zeitschrift für bayerische Landesgeschichte 1. (1928), S. 52–54 MDZ München
- mit Georg Laubmann: Denkwürdigkeiten des Grafen Maximilian Joseph v. Montgelas über die innere Staatsverwaltung Bayerns (1799–1817), nebst einer Einleitung über die Entstehung des modernen Staates Bayern von M. Doeberl. München 1908 MDZ München
Artikel in der Allgemeinen Deutschen Biographie
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Alle ADB-Artikel von Michael Doeberl
- Ernst Böhmländer: Geheimrat Michael Doeberl. In: Die Oberpfalz. 15 (1921), S. 23–24 UB Regensburg
- Dem Andenken Michael Doeberls. Nachrufe in: Zeitschrift für bayerische Landesgeschichte 1. (1928), S. 131–140 MDZ München
- Max Spindler: Der bayerische Historiker Michael Doeberl 1861–1928. Festrede zum 100. Stiftungsfest des Corps Germania, gehalten am 22.7.1963. In: Hundert Jahre Corps Germania München. S. 16–22 UB LMU München (PDF)
