- Reinald von Dassel, Reichskanzler und Erzbischof von Köln 1156–1167. Köln 1850 Google
- Die Münsterischen Chroniken des Mittelalters, Münster 1851 ULB Münster, Google
- Nachrichten über handschriftliches Material zur westfälischen Geschichte. In: Zeitschrift für vaterländische Geschichte und Altertumskunde, Band 13, 1852, S. 261 Google
- Herr Bernhard von Horstmar. In: Zeitschrift für vaterländische Geschichte und Altertumskunde, Band 14, 1853, S. 291 Google
- Engelbert der Heilige, Erzbischof von Köln und Reichsverweser. Köln 1853 Google
- Die Überreste des deutschen Reichs-Archivs zu Pisa. In Sitzungsberichte der Kaiserlichen Akademie der Wissenschaften: Philosophisch-histoirsche Classe, Band 14, S. 142. Wien 1855 Google
- Über einen Spiegel deutscher Leute und dessen Stellung zum Sachsen- und Schwabenspiegel. Wien 1857 Google
- Der Spiegel deutscher Leute: Textabdruck der Innsbrucker Handschrift. Innsbruck 1859 Google
- Über die Entstehungszeit des Sachsenspiegels und die Ableitung des Schwabenspiegels aus dem Deutschenspiegel. Innsbruck 1859 Google = Commons
- Vom Reichsfürstenstande. Forschungen zur Geschichte der Reichsverfassung zunächst im XII. und XIII. Jahrhunderte. Band 1, Innsbruck 1861 Google = Commons, Google
- Vom Reichsfürstenstande. Forschungen zur Geschichte der Reichsverfassung zunächst im 12. und 13. Jahrhundert. Bd. 2 hrsg. und bearb. von Paul Puntschart. (3 Teile) Innsbruck 1911, 1921, 1923
- Vom Heerschilde: Ein Beitrag zur Deutschen Reichs- und Rechtsgeschichte. Innsbruck 1862 Google
- Zur Genealogie der Handschriften des Schwabenspiegels. Wien 1862 Google
- Das deutsche Kaiserreich in seinen universalen und nationalen Beziehungen. Innsbruck 1862 Google
- Deutsches Koenigthum und Kaiserthum: Zur Entgegnung auf die Abhandlung Heinrich von Sybels. Innsbruck 1862 Google
- Die Reichshofbeamten der staufischen Periode. Wien 1863 Google
- Die Reichskanzler vornehmlich des X., XI. und XII. Jahrhunderts. Innsbruck 1865
- Forschungen zur Reichs- und Rechtsgeschichte Italiens
- Ueber die Entstehungsverhältnisse der Exceptiones Legum Romanorum. Innsbruck 1886 Internet Archive = Google-USA*
Hrsg. aus dem Nachlass von Johann Friedrich Böhmer (1795–1863):
- Additamentum tertium ad Regesta imperii inde ab anno MCCCXIIII usque ad annum MCCCXLVII : Drittes Ergänzungsheft zu den Regesten Kaiser Ludwigs des Baiern und seiner Zeit 1314–1347. Wagner, Innsbruck 1865 Google
- Erörterungen zur Reichsgeschichte des dreizehnten Jahrhunderts. In: Mitteilungen des Instituts für Österreichische Geschichtsforschung, Band 3, Dezember 1882 Deepdyve
- Fürstliche Willebriefe und Mitbesiegelungen, In: Mitteilungen des Instituts für Österreichische Geschichtsforschung, Band 3, Dezember 1882 Deepdyve
- Emil von Ottenthal: Rede bei der vom akademischen Senat der Universität Innsbruck am 13. Dezember 1902 veranstalteten Gedächtnisfeier, Innsbruck 1903 Internet Archive = Google-USA*
