- Die Lehre des Johann Hus und ihre Bedeutung für die Entwicklung der neueren Zeit. Regensburg 1862 MDZ München
- Johann Wessel: Ein Bild aus der Kirchengeschichte des XV. Jahrhunderts, Regensburg 1862 Google, Google, Google
- Astrologie und Reformation: oder, die Astrologen als Prediger der Reformation und Urheber des Bauernkrieges, München 1864 Google
- Das wahre Zeitalter des heiligen Rupert, Apostels der Bayern, oder: War der heilige Rupert ein Ketzer?, Bamberg 1866 Google
- Kirchengeschichte Deutschlands, zwei Bände, Bamberg 1867–1869
- Documenta ad illustrandum Concilium Vaticanum anni 1870, zwei Bände, Nördlingen 1871
- Der Reichstag zu Worms im Jahre 1521. Nach den Briefe des päpstlichen Nuntius Hieronymus Aleander. München 1870 Google
- Tagebuch geführt während des vatikanischen Konzils. Nördlingen 1871 Google
- Tagebuch: Während des vaticanischen Concils geführt, Nördlingen 1871 Internet Archive
- Der Jesuit P. Keller als der wahre Verfasser der unter dem Namen Herwarts 1618 in München erschienenen Schrift Ludovicus IV. Imperator defensus. München 1874 Google, MDZ München
- Der Mechanismus der vatikanischen Religion. Nach dem Fakultätenbuch der Redemptoristen. Bonn 1875 Google, MDZ München
- Beiträge zur Kirchengeschichte des 18. Jahrhunderts: aus dem handschriftlichen Nachlaß des regul. Chorherrn Eusebius Amort. In: Abhandlungen der Historischen Classe der Königlich Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Bd. 13, München 1876 Google, MDZ München
- Augsburger Relationen bei Gelegenheit der Visitatio liminum Apostolorum. München 1876 Google, MDZ München
- Geschichte des Vatikanischen Konzils, drei Bände, Bonn 1877–1887
- Band 1: Vorgeschichte bis zur Eröffnung des Konzils. MDZ München
- Band 2: Die Geschichte des Konzils. MDZ München
- Band 3,1: Die Geschichte des Konzils bis zum 18. Juli 1870. MDZ München
- Band 3,2: Die Geschichte des Konzils bis zum 18. Juli 1870. MDZ München
- Zur ältesten Geschichte des Primates in der Kirche, Bonn 1879 MDZ München
- Über Francesco Pucci. Franz. In: Sitzungsberichte der königl. bayer. Akademie der Wissenschaften. Historische Classe. München 1880 Google, MDZ München
- Beiträge zur Geschichte des Jesuiten-Ordens. Verlag der Bayerischen Akademie der Wissenschaften. München 1881 MDZ München
- Über die Unächtheit der Decretale de recipiendis et non recipiendis libris des P. Gelasius. In: Sitzungsberichte der königl. bayer. Akademie der Wissenschaften. Historische Classe. München 1888, S. 54–86 Google, Internet Archive
- Die Constantinische Schenkung, Nördlingen 1889 MDZ München
- Ignaz von Döllinger: Sein Leben auf Grund seines schriftlichen Nachlasses, drei Bände, München 1899–1901
Artikel in der Allgemeinen Deutschen Biographie
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Alle ADB-Artikel von Johann Friedrich
