- Johann Wessel: Ein Bild aus der Kirchengeschichte des XV. Jahrhunderts, Regensburg 1862 (Google, Google, Google)
- Astrologie und Reformation: oder, die Astrologen als Prediger der Reformation und Urheber des Bauernkrieges, München 1864
- Das wahre Zeitalter des heiligen Rupert, Apostels der Bayern, oder: War der heilige Rupert ein Ketzer?, Bamberg 1866
- Kirchengeschichte Deutschlands, zwei Bände, Bamberg 1867–1869
- Documenta ad illustrandum Concilium Vaticanum anni 1870, zwei Bände, Nördlingen 1871 (Band 1: Internet Archive)
- Tagebuch: Während des vaticanischen Concils geführt, Nördlingen 1871 (Internet Archive)
- Geschichte des Vatikanischen Konzils, drei Bände, Bonn 1877–1887
- Zur ältesten Geschichte des Primates in der Kirche, Bonn 1879
- Die Constantinische Schenkung, Nördlingen 1889
- Ignaz von Döllinger: Sein Leben auf Grund seines schriftlichen Nachlasses, drei Bände, München 1899–1901
Artikel in der Allgemeinen Deutschen Biographie
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Alle ADB-Artikel von Johann Friedrich