Wegener verfasste 170 Veröffentlichungen; davon behandelten 106 meteorologische Themen. Sein bekanntestes Werk behandelte aber seine Theorie der Kontinentalverschiebung, die heute allgemein anerkannt ist.
- Die Alfonsinischen Tafeln für den Gebrauch eines modernen Rechners. Inaugural-Dissertation. E. Ebeling, Berlin 1905 Google-USA*
- In: Beiträge zur Physik der Atmosphäre. Zeitschrift für die wissenschaftliche Erforschung der höheren Luftschichten. 2. Band. Karl J. Trübner, Straßburg 1906–1908
- Die Entstehung der Kontinente und Ozeane (= Wilhelm Westphal (Hg.): Die Wissenschaft. Sammlung von Einzeldarstellungen aus den Gebieten der Naturwissenschaften und der Technik, Bd. 66), 4. umgearb. Aufl. Vieweg, Braunschweig 1929
- Johan Peter Koch: Durch die weiße Wüste. Die dänische Forschungsreise quer durch Nordgrönland 1912–13. Mit 158 Textabbildungen und 2 Karten. Springer, Berlin 1919 UB Regensburg